霉菌
霉菌滋生是图书馆和档案馆所面临的难题。特别对于没有安装HVAC系统，或HVAC系统不能正常工作的图书馆和档案馆，或刚刚经历过水淹或漏水的图书馆和档案馆来说，霉菌滋生更是难题。霉菌是在世界大部分地区生长繁殖的各种真菌。霉菌通过孢子传播，孢子散布在空气之中。霉菌孢子等待合适的机会生长繁殖，形成新的霉群。潮湿的物体表面，甚至高湿度的空气都为霉菌生长提供了条件。霉菌孢子扩散到物体表面后，长成可以看得见的菌丝（霉群），呈绒毛状。菌丝又会产生更多的孢子，扩散到空气中，如此循环不断。霉菌孢子和菌丝可能有毒，会导致人类过敏，因此必须小心处理被霉菌污染的物体，避免吸入或误食霉菌。虽然并不是所有种类的霉菌都有毒，但必须将所有的霉菌视为有毒物，在进入被霉菌污染的区域时应非常小心，采取必要的防护措施（例如佩戴防毒面具和防护手套）。
应当记住，霉菌的存在通常是高湿度和空气流通不畅的结果。温度并不是霉菌生长的主要原因，除非温度影响到湿度（低温使物体表面凝结水分）。霉菌可以在任何潮湿的表面上生长，例如纸张、皮革、书皮等。霉菌在生长过程中，会消化物质，从而造成书籍表面被污染和损坏。
高湿度的环境、潮湿的物体表面、不畅的空气流通，都有利于霉菌生长。有时在装有HVAC系统的室内，霉菌也可能在孤立的小空间里生长。如果出现这种情况，就应检查整个区域的空气是否流通不畅。可以在一些小空间（如图书展示柜）里放置硅胶等干燥剂，用来吸收水分、降低湿度。这种方法只适用于封闭的空间。
螨虫也称书虱，被视为霉菌生长的标志。这些微小的灰白虫子栖息在潮湿的书籍中，以纸张中的霉菌为食。可以用紫外光来发现隐藏的霉菌，暴露在紫外光下的真菌会发出荧光。还可以通过气味来发现霉菌，霉菌的气味同潮湿地下室的霉味一样。
如果发现霉菌，应当立即采取行动，查找原因。应检查是否有水渗漏（检查地板、天花板、墙壁是否潮湿），HVAC系统是否正常工作，室内通风是否良好，HVAC系统的预热线圈和喷雾装置是否正常工作，建筑物的结构是否合理（是否造成潮湿或冷凝）。
防止霉菌生长的唯一方法就是改变有利于霉菌生长的条件。例如，纸质藏书不应存放在温度低、湿度高、光线暗、空气不流通的地下室里，地下室里的环境非常有利于霉菌生长。环境中一旦生出了霉菌，即使清除了霉菌，霉菌还会在原处长出来，迅速腐蚀书籍资料。
找到霉菌滋生的原因之后，应立即采取措施将其清除干净。用吸尘器或拖把清除积水，调节HVAC系统，打开电风扇加快空气流通。如果有除湿机，应当将除湿机同HVAC系统和风扇一起使用。
霉菌是胶片资料的大敌，能够损坏胶片的表面和乳状层。如果将未处理的胶片存放在防潮容器中，就不容易滋生霉菌。如果包装被打开并露出胶片，霉菌就会在上面迅速滋生。相机里的湿度较高，留在相机里的胶片很容易被霉菌侵害。在处理缩微胶片时，可以在胶片上面涂一层涂料，有利于保护胶片，降低乳状层被霉菌侵害的风险，使霉菌更容易被清除。美国纽约 Image Permanence Institute of Rochester 开发的多硫化物就是这种涂料。
过去人们使用各种化学药剂来“杀灭”霉菌孢子，例如真空装的环氧乙烷（由于有害于健康，现已被禁止使用）、加热的百里香酚和对二氯苯（现已确认基本无效）。无论用何种药剂来杀霉菌，当图书资料被放回原来的环境中后，还会重新发霉。化学处理已不再是控制霉菌的有效方法。人们通过降低湿度和增加空气流通来控制霉菌。
如果大量的书籍变潮湿，可将书籍冷冻，以迅速阻止霉菌生长。冷冻后再采取进一步的处理措施。在处理之前，必须用空气干燥或冷冻干燥的方法来干燥书籍。
在处理发霉的书籍时，应将书籍搬到有电风扇的通风良好的地方。理想的方法是将书籍立起来，纸板稍微打开，用风扇通过打开的窗户对着书籍吹风；或将书籍放在打开的通风柜（橱柜）中，通风柜连接到HEPA过滤器或“生物安全柜”。快速流动的空气会吹干书籍中的水分，使霉菌孢子脱水，从而抑制其生长。如有可能，可将书籍搬到室外，放在微风中。阳光中的紫外线对书籍有害，因此应避免使阳光直射书籍。工作人员在处理发霉的书籍时，应佩戴N95 HEPA口罩或防毒面具，以及塑料或橡胶手套。最好戴丁腈（合成橡胶）手套。
当书籍干燥后，可用带HEPA过滤器的吸尘器从书皮上尽可能地清除霉菌。
如果图书馆没有带HEPA过滤器的吸尘器，可以使用除尘掸子（带有静电）。将除尘掸子放在发霉的地方，轻轻将霉菌孢子粘起。这还可以防止霉菌孢子扩散到空气中。非活跃性霉菌可能有毒，可导致人类过敏。
清除霉菌后，可以用7%的酒精溶液擦拭书皮。酒精是一种温和的溶剂，可以去除书皮上的污斑 。请小心操作，不要弄湿太大的面积。
此时可以检查书籍的内部。在许多情况下，装订内部靠近顶端和末端的地方可以看到霉菌的污渍。可以用酒精轻轻擦拭污渍，但酒精不太可能完全去除污渍。有人用化学漂白剂来清除污渍，但我们不建议这样做，因为漂白剂会使纸张迅速劣化，如果在潮湿的环境中使用，后果尤其严重，而且霉菌会复生。
在将书架上的霉菌完全去除、并将发霉的环境纠正之前，不可将书籍放回原书架。可以用漂白液（来苏）洗净室内发霉的物体表面，等其完全干燥之后再恢复使用。
应丢弃所有用过的清洁用品（抹布、海绵、HEPA吸尘器滤芯等）。应清洗吸尘器的管子。.
在将书籍放回书架后，应定期检查室内，确保霉菌没有复发。应检查HVAC部件，尤其是排气部分的部件。应定期更换HVAC滤芯。如果没安装HVAC系统，应确保良好的空气流通。
不要试图通过提高温度来干燥书籍。这会助长霉菌繁殖。相反，应加强空气流通，并使用减湿器，来降低环境湿度。
不要用漂白剂或清洁剂喷洒或擦拭书籍。此类化学试剂会严重损坏书籍。
不要在确认是否有毒之前使用化学熏蒸剂。必须先设别霉菌，以确保熏蒸剂能有效杀灭霉菌。
不要吸入或误食霉菌孢子。应穿戴个人防护装备，如手套、防毒面具、围裙等。
在处理版画、地图、框架资料和其它艺术品时，应小心翼翼。鲁莽的吸尘或掸灰动作可能会损坏脆弱的资料表面。一个清除霉菌的好方法是，将一块玻璃纤维窗纱片盖在资料上，然后用吸尘器在窗纱片上吸尘，尽可能地将资料上的霉菌吸除。如果在户外操作，并且佩戴了防毒面具，可以用柔软的刷子轻轻刷掉霉菌。请注意，不要将霉菌孢子扩散到纸张纤维或其它媒质中。如果在框架资料的框内侧发现霉菌，应当把框架拆开，处理之后再用新的衬料和彻底去除霉菌并完全干燥的框架进行复原。